با توجه به ماهیت تعالیم دین مانی که شبیه آئینهای گنوسی بود و عناصری که از دین زرتشتی ، مسیحی و بودائی را در خود داشت، میتوان آیین مانوی را دینی عرفانی محسوب کرد
آیین عرفانی او بر پایه خرد و ریاضت و تهذیب نفس بود.
به نظر مانویان تطهیر تنها از راه معرفت و پاکدامنی و محبت امکانپذیر میشد
آنها معتقد بودند که برای رهایی از ظلمت به دانش و معرفت نیاز مبرم وجود دارد. انسان ترکیبی از جسم و روح است و روح انسان، در بند و اسارت جسم قرار دارد و باید از طریق آگاهی و تهذیب نفس نور را تقویت کرد تا بعد از مرگ بتوان به عالم علوی و سرزمین روشنایی رسید
آرزوی رسیدن به بهشتِ نور، یکی از درونمایه های مهم عرفان مانوی است. انسانی آزرده، غریبه و مفلوک در این تیره خاک تنها آرزویش رهایی است و آنگاه وصل شده به جهانِ اعلی، ایستادن در برابرِ زروان یا پدر عظمت که خدای برتر و ناشناخته ایزدستانِ مانوی است، خدایی که هیچ سنخیتی با ماده و با این جهان ندارد،
مانی، خرد، دانش و معرفت را بر ایمان و سنت ترجیح میداد. البته خرد مدنظر مانی مبتنی بر اشراق بود
عرفان مانوی از منظر توصیه بر محبت و مدارا با دیگران نیز بر پیروان خود تاثیر گذاشت( در مانویت محبت عنصر کلیدی نیست. در حاشیه قرار میگیرد)
دربارهٔ پذیرش و اثر دین مانی بر ترکان اویغور در منابع چنین آمده:
«کشوری با عادات وحشیانه که بوی خون از آن برمیخاست، به سرزمینی مبدل شد که مردمان آن به طبخ با سبزیجات روی آوردند. کشوری که کشت و کشتار در آن امری عادی بود، مردمانش به نیکوکاری برانگیخته میشدند».
عرفان مانوی دنیا را دیر مکافات و سرای بدی میپنداشت و پیروان مانی هرچه زودتر رخت بستن از جهان را آرزومند بودند . عرفان مانوی تاثیرهای عمیقی بر عرفان اسلامی گذاشت.
صحبت از نور و ظلمت، پرهیز از گوشت و لذات جسمانی، بیعلاقه بودن به کار و آبادسازی جهان، بیارزشی جهان مادی، اسارت روح در جسم و جهان، پیوستن روح به عالم علوی از راه تهذیب نفس، رسیدن به آگاهی از طریق اشراق و درون از تاثیرات ویژه آیین مانی بر عرفان اسلامی و تصوف دانسته شدهاند.